小学４年生のユーダイは春休みにおばさんのいる島に遊びに行く。そこで巨大生物“ホモォ”に出会う――。奇妙な体験をきっかけに“ホモォ”にまつわる数々の事件がユーダイを中心としたタコツボ小隊の周りで起こりはじめ、巻き込まれた隊員の姉、かずらと共に真相を探っていく。そして夏休み、遂にかずらはホモォ暴走事件の真相に迫る。一方ユーダイとタコツボ小隊はふたたび“ホモォ”のいるあの島を目指すことに。 そこで見たものは……。少年少女たちが繰り広げる冒険活劇！