2015年、宇宙政府との交渉が難航するが、2024年 地球政府は宇宙政府からの技術提供と引き換えに 異星人の労働・観光・移住を認めた。 １年後の2025年。世界各地で異星人の犯罪が増加じ、警察だけでは犯罪を抑えられず、異星人の犯罪専門組織men.in.blackを設立、世界各地にエージェントを派遣、もちろん日本にも新宿にmen.in.blackを設立、そこに東京生まれの犬飼武と宇宙生まれの異星人ファクタルをと、東京で起きる事件を解決していく。