高校一年生の秋山理玖は、二年生の神代鈴先輩の影響で、この世に科学では解き明かせない"異常"が存在することを知る。やがて二人は「超常異常事象調査部」を結成し、さまざまな不可解な怪異をともに追い、その目で確かめていくことになった。