主人公の家系は、古代より「魂の輪廻を管理するための誓約」を神と交わした一族であり、「選ばれし魂の保持者（輪廻の器）」を代々輩出する使命を担っていた。 しかし数世代前、ある当主がこの誓約を破り、自らの魂を改変／分裂させてしまった。これにより、家系に魂の断片化が起き、子孫たちは「魂の混濁（ghosted soul）」を宿すようになった。 唯一、その裂け目から漏れ出た正統な魂（Resealer）の持ち主が水城 璃空（みずき・りく）である。その彼が魂と遺伝子の交差点を越えて本当の真実に辿り着くまでの壮大な物語である。