宇宙世紀0090年、シャアの反乱の後、その妹セラ・マスは連邦支配を覆す可能性を持つ「ラプラスの座標」を携え、宇宙を流亡する。 一方、アナハイム・エレクトロニクス社はアムロ・レイの遺伝子を利用して強化人間の少年ルカ・ワインを製造し、彼のために「星宿海システム」を搭載したコルカス・ガンダムを開発した——敵方MSを操る禁忌の機体。 煙草局特務部隊とジオン残党の二重追跡の下、セラとルカは出会う。互いに警戒から始まり、知り合い、支え合うようになり、逃亡の中で立場を超えた絆が生まれる。 しかし、コルカスの力はルカの精神を徐々に蝕み、彼を被害者から復讐者へと変えていく。 失控したコルカスが銃口を地球圏全体に向けた時、連邦とジオンは一時的な同盟を結び、命を賭したNT-Dシステムを投入して決戦に臨む。 これは個人が時代の大波に抗う悲歌であり、一匹の「怪物」が人間性を求める物語。