世界で一番清潔で規律正しい場所、東京。管理された犯罪の無い街で人々が豊かに暮らす一方、東京から隔絶された外側の世界は《やつら》に滅ぼされようとしていた。世界に《やつら》が現れてから数年。新米ハンターの碓氷悠介と、女の子らしい服装にこだわりを持つ汐見坂吹雪らは、《やつら》に対抗するハンターチームの一員として、感染に怯える住民が住む高層タワーや執拗に特定の血液を求める街など、様々なトラブルを抱えた地を巡るうちに、外界の人々が抱える闇と、この世界に隠された真実を知る。