時は西暦2014年。テリオギアによる脅威から国家の平和を守るため、政府は秘密裏に国家機密組織『Aether』と『Eden』を組織した。 高校2年生の目雛聖は、7年前に突然去った義理の妹・目雛有亜を忘れられずにいた。ある日、爆発テロに巻き込まれた聖は、爆風の中に成長した有亜の姿を見つける。Aetherの朝霧真弘に助けられた聖は、有亜を見つける手がかりを探すため、Aetherへの入団を決意する。