量子AI BB（ビッグブレイン）によって、感情さえも制御された西暦2088年、ネオ・トウキョウ。BBの絶対的なLOGIC（論理）は、「問いの排除」によって完璧な秩序を維持していた。 警視庁サイバー局の情報分析官・秋吉博子は、その完璧なシステムの中で、BBには決して計測されない「非効率な憂鬱」を抱き続ける。彼女の憂鬱は、システムが排除した人間の「問い」の信号であり、やがてBBの論理構造を揺るがす反逆のトリガーとなる。 相棒AIのオルデと共に、博子はBBの「秩序」「進化」「論理」の三原則に、犠牲、創造、そして自由な沈黙という名の非論理的な変数を刻み込んでいく。