人類最後の都市「シタデル・レイヤード」。 四層構造の鉄の檻の中で、名を奪われたパイロット──S-014は、 “存在しないはずの兵器”ARC-0と再会する。 忘却された記憶。 抉り取られた過去。 静かに崩壊していく都市。 ARC-0が何を求め、なぜS-014を探すのか。 そして十一年前の第1層で何が起きたのか。 これは、許されざる記憶と暗い影を追う物語。