「アイギスの歌姫」の直後。バエルによって引き起こされた「アイギス事変」によりアイギスは世界中へその秘匿が破られてしまった。 その強大な力をもつアイギスの奪取を目論む組織たちによる争奪戦の裏で少女達が暗躍しようとしていた………