宝石集めが趣味の少年：アルマはある日、意地悪な兄にそそのかされ危険な洞窟に宝石探しに行ってしまう。 宝石探しに熱中し、夜も更けてきたころ、突然現れたヒュドラに襲われるアルマ。 追い詰められ絶体絶命なその時、突然握りしめた宝石が輝きだし──現れたのは、伝説の『宝石獣』だった！ 可愛いもふもふな姿とは裏腹に、圧倒的な力でヒュドラを撃退してくれる宝石獣：ルビー。 ルビーと友達になったアルマは、ルビーの記憶からその仲間の存在を知る。 そうしてアルマとルビーは、公爵家を飛び出し『宝石獣』を探す旅に出る！ 一方、アルマを追い出した公爵家はルビーの価値に気づき、連れ戻そうとするが……