30歳のプログラマー・篠原陽は、ある日突然異世界に転移し「モンスター育成士」という希少職業を得る。モンスターと真の絆を結ぶ力を持つ彼は、創世神龍ヨルムンガンドのルリ、太陽神狼シリウスのシス、聖炎神鳥フェニックスのニクスをパートナーに、ダンジョン攻略と配信活動を開始する。 柴咲葵との出会いを経て、災厄級ダンジョン「永劫の炎獄」に挑む陽。最深部で焔帝龍インフェルナロクと遭遇するも、対話により共存の道を示す。同時に、ダンジョンを兵器化しようとする組織パラディオンの陰謀を阻止。葵との恋愛を実らせ、結婚へと至る。 五年後、モンスター育成士養成学校の校長となった陽は、葵との間に生まれた息子・光を育てながら、新たな脅威「虚無のゲート」に直面する。異世界・虚無界の支配者ヴォイドロード・エレボスを倒し、世界を救う。 さらに五年後、世界中でモンスターの「進化現象」が発生。知性を獲得したゴブリンセージ・ザックをはじめとするモンスターたちとの共存を目指す陽は、反対派との対立を乗り越える。5歳の光は「モンスター調停」の才能を覚醒させ、最初のパートナー・雷属性ドラゴンのスパークを得る。 世界モンスター育成士サミットを前に、陽は人間とモンスターの真の共存という新時代の幕開けに向けて決意を新たにする。