舞台は、由緒ある私立高校・鳳凰学園高校。後にそこの生徒会長となる２年生の真田（さなだ）良介（りょうすけ）は、夏休みに夢で見た銀髪に青い瞳の少女・百合川（ゆりかわ）薫（かおる）と現実世界で出会い、彼女が鳳凰に転校することを知った。しかし、新学期が始まると、彼女は麻薬密輸の容疑で警察に連行されていたのだった。 　その事件を解決し彼女を救ったことがきっかけで、良介は生徒会の仲間たちと協力しつつ、高校生探偵として名を馳せていくことになる。調理実習中に発生したアルコール中毒事件やスキー実習での殺人事件、指揮者の密室殺人事件、強姦事件、溺死未遂事件、行方不明事件、プラネタリウム殺人事件、暴力事件、連続殺人事件……と、数々のトラブルを乗り越えつつ、彼らはそれぞれの「素性」と「恋心」を抱え、悩み、ぶつかり、物語を紡いでいく。