妹を救うため、レイは無意識に“時間を奪う力”を発動し、 黒い刻印が刻まれる。 クラスメイトのミナトは逆の力を持つ「与える者」で、 レイの危険性を警告。 同時に、時間能力者を狩る組織・クロノスがレイを標的に動き出す。 苦悩するレイは真実を知るためクロノス本部へ。 だがそこへミナトが侵入し、レイを奪還しようと告げる——。