怪物、異形、化け物、怪異、妖怪、奇々怪々……。 姿形、呼び名、そして彼らを指す名前すら複数存在するモノたちが、陽の下を我が物顔で歩くようになって、八年が経過した現代日本。 ＜バケモノ＞と呼称するソレらを、祓う存在が二つある。祓い屋と祓魔隊だ。 祓い屋を生業とする九頭玲司は、人々から「人殺し」と後ろ指をさされる祓滅の依頼を今日も受ける。 「私の姉を楽にしてほしいの」 依頼人から受けたのは、バケモノとなった姉を祓う事だった。しかし、その依頼を達成しようとする玲司の元に幾つもの問題が舞い込み、依頼の達成を困難にする。 別のバケモノの出現、トラウマのフラッシュバック、許されざる存在との邂逅、本部の襲撃……。 バケモノが蔓延る現代日本で、祓人、九頭玲司は、不思議な力を持つ少年を弟子に取り、今日も祓滅の依頼を受ける。 「―――を、祓ってください」