2045年、日本。世界は神の顕現によりキリスト教のみとなり、悪魔の出現に対抗するためエクソシストが生まれた。 主人公・青葉 翔也（しょうや）は「神の子」として生まれ、聖書の一節を現実に顕現させる力と、天使の力を扱う力を持つ。孤児院兼教会で弟妹たちを世話しながら、平穏な日常を送っていた。 しかしある日、幼馴染の神代 澪（みお）と一緒に訪れた海で、未知の神——ポセイドン——が顕現し、澪が命を落としてしまう。 その事件をきっかけに翔也は、世界の真実――天界で反乱を起こすセラフィエル、封印されたウリエル、そして多重世界から降臨したゼウスたちの存在を知る。 “神と悪魔、そして多重世界の神々”が入り乱れる戦いの渦中で、翔也は幼馴染を救うため、自らの力を駆使し、困難を乗り越えていく。 果たして神の計画に抗う「聖書第67巻」の物語は、どんな結末を迎えるのか――。