20XX年東京、31年前に地球圏に突如として現れたカレン彗星のニアミス事件により東アジア周辺に魔力が充満することになった。それから5年後にその魔力を吸収、発散する魔導具が東京で開発されて人々の間には次世代エネルギーの期待が高まることになったのだが、今から11年前に魔導具は犯罪組織に大量に流出していくつかの半グレ集団が魔王軍と称して東京は群雄割拠のの時代を迎えることとなる。一方で8年前、東京の思春期の少女たちの間で魔法少女に覚醒する者たちが現れ始め正義の味方として魔王軍に対抗し始めたが、元々暴力行為に長けている魔王軍との力の差は歴然だった。

1年前、六本木に根城を持つ魔王ガクドウは群雄割拠の状況を打開するために、ある計画を実行した。市ヶ谷にある魔導具研究所を襲撃して大量の魔導具を強奪するというものであった。この計画自体は成功して研究所を襲撃、大量の魔導具を強奪するに至った。ところがである。市ヶ谷周辺を哨戒していた魔法少女メルに見つかってしまい、根城の六本木で魔法少女メルを迎え撃って魔法少女メルの殺害に成功したのだが⋯⋯。

本作は暗黒魔法少女ダークシャドウと魔王ガクドウとの戦いを描いた『魔法少女になりたくて　第3部　歌舞伎町事件』を魔法少女ミルの視点で描いた物語である。