この世界には怪異と呼ばれる化け物がいます。 そして、怪異を根絶する機関の皇夜協会があります。 平凡な女子高生だった月夜野燈は、一年前、火車と呼ばれる怪異に唯一の肉親だった妹の魂を盗まれ、自身も大怪我を追わされます。 現在は荷物持ちの底辺ちゃんと馬鹿にされながら、皇夜協会の庇護のもと過ごしています。 半分奴隷のようにこき使われていた燈は、ある日、S級の怪異祓いである杉浦知子と出会い、《怪異祓い》として仕組まれた運命が加速していきます。