21XX年、生活に必要とされているインフラストラクチャー系列の情報がデータ化され、巨大なサーバー、EDENによって一括管理されるようになった日本。 小鳥遊 刹那（たかなし せつな）は有名ゲーム会社トロイメライの開発した最先端ゲームの抽選プレイに当選し、Witch Hunt Onlineをプレイする。 そこで小学生の草加 翼（くさか つばさ）とバーテンダーの谷口 慎二（たにぐち しんじ）と共にゲームをクリアした所、ゲーム開発者兼トロイメライ代表取締役社長、橘 孝太郎（たちばな こうたろう）から直々に声を掛けられる。 Witch Hunt Onlineが開発された本当の目的――――電脳空間を介して人類に害を為すコンピュータウイルス、【魔女】の殲滅を知らされるのだった。