ある日曜日、新宿の青空を、黒と暗灰色の入り交じった、不気味な煙のようなものが覆い、斑状に怪しく黄色に輝いた。 新宿歩行者天国を散策していた高校生、剣見瞬は、気を失った。 蒼空の下、瞬が意識を取り戻した時、彼の周辺には人っ子一人いなかった。 困惑しつつ、事態の解明に乗り出した瞬は、ダークブルーメタリックのキューブを発見する。 中には、原始的な物から、現代の科学では作ることが不可能と思われるようなものまで、様々な武器が入っていた。 護身用にレーザーピストルとビームソード２本を装着し、行動を続ける瞬に、次々と黒いモンスターが襲いかかってきた……