日本の大学で物理、化学の研究に没頭していた青年・一之瀬 カイトは、実験中の事故により命を落とす。しかし、彼が目覚めたのは剣と魔法の異世界だった。 そこで彼が得たのは、あらゆる物質の原子配列を視認し、自在に組み替えることができるユニークスキル『分解・再構築（アトミック・エディタ）』。 この世界では、人々は詠唱や魔法陣を使って「なんとなく」魔法を使っていた。カイトは自らの科学知識とスキルを組み合わせ、異世界の常識を次々と覆していく。