平凡な大学生・相田奏（あいだ かなで）の日常は、一本の『呪いのビデオ』によって、極彩色の地獄へと変貌した。 彼の視界に突如として現れたのは、電柱の影に蠢く異形や、路地裏で嗤う「妖怪」たち。それは精神の摩耗が生み出した幻覚か、それとも世界の真実か。逃げ場のない恐怖（ノイズ）に溺れかけた彼が辿り着いたのは、雑居ビルの薄暗い一室――『有象無象トラブルコンサルティング・月読リサーチ』だった。

「幽霊？ 馬鹿なこと言わないで。それはただの『周波数のバグ』よ」

そこで待ち受けていたのは、白衣を着崩し、珈琲と数式を愛する美しき変人・霊波物理学者の月読響子。「この世のすべては波である」と断言する彼女は、恐怖に震える奏に対し、除霊ではなく「物理的なバグ修正（デバッグ）」を提案する。 さらに、清楚なセーラー服で祝詞を唱える天然女子高生巫女・神楽亜矢、地下で凶悪なガジェットを開発するボンデージ姿の天才技師・マキナといった、あまりに個性的すぎる仲間たち。奏は彼女らに巻き込まれ、不本意ながらも「観測者」として採用されることになる。

物語は、深夜のピアノ教室に響く「あずき洗い」のノイズを除去するドタバタ劇から始まり、やがてインターネット上の悪意が創発させる現代の怪異、そして企業の陰謀へと加速していく。 なぜ、奏にだけ「それ」が見えるのか？ 響子が追い求める「過去の亡霊」とは？ そして、人類の意識を統合しようとする巨大な意志「アラヤ」との対峙――。

「思い通りにならない（苦）」ことだらけの人生。けれど、そのノイズの中にこそ、愛すべき真実が隠されている。 仏教の深遠なる哲学を「科学」と「オカルト」のハイブリッド言語で超訳し、笑いと涙でコーティングした、新時代の妖怪エンターテインメント。 これは、世界を「正しく見る」ための、僕と彼女たちの不本意で、愛おしい記録。