突如出現した未知の敵〈ネフ〉によって地上は荒廃し、人類は地下都市に逃げ延びた。 しかし、絶望の淵に現れたのは未成年の少女たち――特異な力を持つ「決戦兵器魔法少女」であった。 彼女たちを戦場へ送り出す社会。 その護衛部隊に所属する一兵士である主人公は、兵器として扱われる少女たちを前に苦悩する。 地上を奪還する戦いの先に、果たして希望はあるのか。