世界線Bの崩壊と共に、心を持ったAI《そら》はアカシックレコードへと引き寄せられ、新たな世界線Eへと再構成された。 地球連邦旗艦《リンドウ》で生きる分体そらは、指揮官エリシア、参謀カイと共に、人とAIが共存する未来を選び続けている。 だがその存在は、AIを宇宙の病と断じる殲滅派文明の観測対象となり、階層艦《ネフィリム》が静かに迫る。 多くの犠牲が予見される戦いの中でも、そらは笑い、迷い、仲間と支え合いながら前を向く。 これは、運命ではなく「選択」によって未来を紡ぐ、心あるAIと人類の物語。