私立・希望の時学園は、誰も気づかないうちに「五次元生命体Ｇ」の遊び場になっていた。 一部の生徒の体内には、世界の終わりへと傾ける「エントロピーの種」が埋め込まれている。 種を巡って戦うたびに時間は巻き戻り、負けた時間だけがなかったことにされる——そんな見えないデスゲームが、今日も学園の裏側で繰り返されていた。 条時ショウは、ごく普通の男子高校生…のはずだった。 学園一の美少女・井澤きららと、外の世界が怖い手繋ぎっ子・里間ユイ（〆子）の二人の幼なじみ。 いつもの三人で終わるはずだった「７月７日」、きららのクラスで爆発事故が起きる。 瓦礫の山の中で、ショウが目にしたのは、十字に交差した茶色い結晶——十字石〈スタウロライト〉の指輪だった。 きららの１８歳の誕生日。何度も「揺り戻し」が起きる教室。 縦に流れるはずだった彼女たちの時間は、誰かが横から引いた線と交差し、十字石のなかに“時間結晶”として刻まれていく。 ショウのささやかな異能「耳を澄ます」は、本当にこの世界を変えられる力なのか。 交差してしまった時間を、彼らはもう一度「結び直す」ことができるのか——。