突如現れた未知の怪物――「ゼノタイプ」。 それらは世界を蹂躙し、人類文明は瞬く間に崩壊へと追い込まれた。 築き上げてきた文明、人類の叡智や従来の兵器はまったく通じず、ゼノタイプは人類から多くのものを奪った。 人類はゼノタイプを駆逐する救世主が現れることを切に祈った。祈ることが唯一残された抵抗であった。 そんな絶望の最中、救世主が電子の内海で目覚める。 現れた救世主、万能人工知能セレネはゼノタイプに唯一有効な対抗兵器――霊装駆動体《エドラ》を開発。それはゼノタイプを初めて撃退する。 人類はセレネを唯一の希望として地下に都市を築き、生存と反抗のための組織IIDFを設立する。 それから数百年が過ぎ… 士官学校を卒業したばかりの新人指揮官、ノヴァ・ヘリクス。 配属先へ向かう途中でゼノタイプの一体――ニルヴァに襲撃され、部隊と逸れてしまう。 死と隣り合わせの状況で彼を救ったのは、IIDF所属の兵士カノンだった。 偶然とは思えぬ戦場の才覚で巨大ゼノタイプ・ニルヴァを退けたノヴァは、異例の処遇としてカノンの指揮官に任命される。 ――人類の未来を掴むため。 ――失われたものを取り戻すため。 ノヴァとカノンの戦いは、ここから始まる。