広島県江田島市に住む高校生、神坂結は2月のある日、謎の『声』がきこえるようになる。それは怪獣メゴスの声だった。 また時を同じくして、四国を中心に、西日本の上空で謎の飛行物体がレーダーなどで確認されるようになった。 生物学者の高野は、政府の極秘調査チームの一員となって、他の学者や自衛官、官僚らとともに飛行物体の調査をしていた。 その正体は怪獣ギドンだった。 やがてギドンは大きな災厄となって、日本に大きな破壊と危機をもたらす。日本が存亡の危機に立たされ、世界も恐怖に慄く。 しかし、メゴスは、そのギドンを倒す使命を担っていた。 怪獣メゴンとは何か？ さらに、怪獣ギドンとは何か？ この二大怪獣が、今、日本で戦う。