地球で発見された特別な鉱石《オルタイト》。 それは、人の遺伝子と結びつくことで、 宇宙用人型機動兵器を動かす心臓部となる。 だが、その力は一部の民族の血にだけ適合し、 それ以外が無理に使えば、ときに命さえ奪う“毒”でもあった。 宇宙居住コロニーの中等部に通う少女と少年は、 友人たちと共に、ごく普通の学生生活を送っている── 少女が規格外のSランク適合者であることを除けば。 数年後。 少女は軍の養成科で元Sランク少尉の教官に鍛えられ、 《SKY》のパイロットとして前線へ配属される。 連合軍、レジスタンス、そして血統と鉱石を独占する帝国。 親世代の選んだ戦争の続きの中で、 少女はただ一つの願いを胸に、空へ出る。 自分の意志で「飛ぶ空」を選び直すために。