クロックシティ――失敗・寄り道・感情の揺れすら排除された完全管理都市で暮らす少年・沙和駒セイタ。 ある日、立入非推奨区域で謎の男アークと「本」という過去の遺物に出会い、その言葉と違和感が静かに彼の日常を侵食していく。 やがて放課後、同じ場所を再び訪れたセイタの前に現れたのは、都市のシステムに登録されていない少女・ミナ。彼女に導かれ、セイタは地下に隠された自由の街“グラティス”へ足を踏み入れる。 合理では測れない笑い、衝突、表情、選択―― そこで彼は初めて「正しく生きる」のではなく「生きたいと願う心」に触れていく。 効率と自由。静寂と鼓動。 そして――少年は自分の意思で世界に問いを突きつけることになる。