ある嵐の晩、名門芸術アカデミーで、ある一人の生徒が死んだ。 　その生徒の名前は行天周（ぎょうてんあまね）。「作曲科のアマデウス」と呼ばれていたその生徒は、恵まれた容姿と類い稀なる音楽の才能を持つ、学院のスターだった。 　彼の葬儀も終わった次の日、学院中が悲しみにくれる最中、戸上南朋は見知らぬ生徒に声をかけられた。 　南朋の肩ほどしかないその少年、大和は、自分をアマデウスのファンだと言い、南朋をアマデウスの死に関する謎ときに誘う。 　彼いわく、アマデウスは何者かによって殺された疑いがあるという――