고등학교 3학년인 소년 아라라기 코요미는 3년간 한 번도 말을 해 본 적이 없는 같은 반 센조가하라 히타기의 비밀을 우연히 알게 된다. 그녀의 비밀은 다름 아닌 체중이라고 할 만한 게 거의 없다는 것이었다. 기이한 게를 만난 이후, 그 게에게 자신의 체중을 빼앗겼다고 하는 히타기. 그녀의 이야기를 듣고 코요미는 자신도 과거에 비슷한 체험을 한 것을 기억하는데….