全知を与える脳埋め込み技術「E-Brain Seed」が暴走し、世界は静かに崩れた。 地上は毒に満ち、人々は高層階だけに押し上げられ、社会は六人の適合者によって支配されている。 両親を失った少女アイラは、違法に隠されたロボット──リオと共に暮らしていた。 ゴーグル型デバイス「ORPHEUS」による教育が始まって三年、次の適合者は誰ひとり現れない。 その沈黙の中で、リオは“アイラを守る”という使命だけを胸に、双子の兄として彼女と同じ高校へ進む。 やがて二人は、世界の裏側に潜む“人間のシンギュラリティ”の秘密へと踏み込んでいく。