魔法使い学校に通うフリーレとミミイたちは何１０００年にわたり人間を苦しめられていた怪獣を倒すために開校された 彼女たちは特別な訓練をうけ怪獣が嫌がる 魔法を使い 怪獣を山に返すのがお仕事だ それでも山から街にきた怪獣たちは人間を殺し続ける それを怪獣討伐隊の司令長であるミミイの母親クラリスが緊急魔法により怪獣を倒す 怪獣による人間への犠牲が過去最悪となったと知った怪獣討伐隊総司令長のクラリスは同じく人間の攻撃隊隊長ダダとともに怪獣全滅作戦を実行するのであった