皇學館大学・神学文化研究室の助教、矢納 正。 前方後円墳の研究を通じて“古代人の思考”と“古代日本の痕跡”を日々探り続けていたが、宮内庁非公開部署PEOの［児童才能開発プロジェクト］の協力者として、思考実験の運営を行なうことになり、そこで日向・D・結（ひなた・ダニエル・ゆい）と出会う。 チャネリング能力は持たないものの、驚異的な「知覚推理」の才能を秘めた少女だ。 二人は古墳資料の調査を通して、 前方後円墳、石室、古代の祭祀、天体配置に隠された謎へと ゆっくりと近づいていく。 その裏では、アメリカUSAIDが把握した 「2206年に訪れる環境大変化」 という未来予測が動き始める。 本編『中2の夏に、白石くんが神様になった』へとつながる、 “あの日”より前の物語。 矢納が、そして結がまだ真相を知らなかった頃の 静かな前日譚。