謎の《主》の決断の情景を強烈な夢として見た少年竜輝は、双子の姉である楓と共に、導かれる様に偶然見つけた古代の光る石板と叙事詩に記された神呪を已む無く唱える事になる。光と渦巻く風に呑み込まれた二人は、元の世界が終焉を迎える中、「神威」と呼ばれる古き神々が治める『奴国』という世界へ時空を超えて飛ばされる。そこでヤチホコとスセリとして目覚めた彼らは、繰り返される歴史と新たな運命の始まりを迎える。