15歳の誕生日の日、「18歳になったら開けなさい」そう言って師匠はメリィにアトリエの鍵を託して失踪した。 ―――そして3年後 師匠から託されたアトリエの鍵を手に、ついに扉を開く。 そこに残されていたのは、正体不明の虹色の物質と、一冊の未完成の手記——“未知の物質、探求を頼む”とだけ書かれた師匠のメモ。 錬金術の腕はからっきしのポンコツのメリィ。 先輩錬金術師であり先生であるエリスの助けを受けてメリィは決意する。 この世界の錬金術とは物質の持つ「軸の方向」とその「値」を見抜き、抽出して合わせる技術。 「軸」を知ることは世界を知ること。 「師匠の遺した虹の欠片の謎を解くため、まずはアイテム図鑑をつくる！」 庭の草から始まる小さな調査は、やがて街を巻き込む大きな冒険へと変わってゆく——。