全てはコインの表と裏。地上の安寧と常に隣り合わせにある魔界の存在が白日の元に晒され、その脅威と日々対面している西暦二〇四一年、「魔界危機二十年」の人類たち。 　魔界とチャネリングすることでその魔力(ウォーレン)を操る秘密諜報員。魔王の使者である器官(オーガン)を狩るべく世界中で暗躍している存在。それが現代の魔女である。 　ニ年前の任務で師匠を失って以来、心を閉ざしていた高校一年生の佐藤ラナは全世界魔女連盟である「ブラックウォーター・アンホーリーライト」の東京都杉並支部に籍を置いているエージェント。十代の若手の人材不足を理由にかつての魔界との裂け目上に建てられた女子高へと派遣され、太古にそこで没した地上の女神が流したとされる血の涙──赫石(レッド・アイ)の欠片を探す任務を与えられる。 　しかし赫石は、既にクラスメイトの川口レイに拾われており、彼女は既に膨大な量の魔力(ウォーレン)に覚醒していた。彼女の記憶を消去してこの不祥事を誤魔化すべく、急遽ラナはレイを娣子(アプレンティス)として迎え入れる形だけの手続きを役所に申請し、その使い魔の捜索を始めようとするが、やがてそれは地上を丸ごと巻き込んだ国家の陰謀へと繋がってゆく。