かつて赤く汚染された空の下、最強の空兵として戦うヨウと自立思考兵器である竜の素体ミオ、二人は終わる世界の中で共に戦っていた。 愛を誓い、結婚をし、いつまでも一緒に生きていこうと誓い合った二人、しかしヨウは大戦の中でミオを残して命を落とす。 七千年後、ヨウが目覚めた場所は青く再生した地球であり、その世界で飛べない竜、レノ・アイオライトと出会う。 やがて始まる惑星全域を巻き込んだ超巨大エアレース、ドラグーンフラッグ。一人では飛べず、それでも誰よりも速く飛びたいと願うレノを、かつて最強と呼ばれたヨウは空に導く。 愛する人を喪って、それでも続いていく世界の中で二人は共に空に挑む。