小学3年生の賢治は、村はずれの古い祠に住む奇妙な神様「ホコラー」と出会う。ホコラーは赤い肌に4本指の小さな神で、いたずら好きだがどこか寂しげだ。ある日、賢治は台風の急な増水に流されてしまう。意識を失う直前、赤い4本指の手が彼を掴み、岸へ引き上げる。目覚めた賢治の腕には、赤い指の痕がくっきりと残っていた。高校生になった賢治はホコラーの祠が村の開発で壊されそうだと知った。賢治はホコラーを守ため祠を守るために村役場に行く。けれど祠は壊れてしまい・・・