高度文明の発展が目まぐるしい現代日本。 しかしその裏側では、常に世界の命運を分ける戦いが繰り広げられていた。 人々が平和に暮らしている表側の世界の反対……裏側の世界《隠世》。 そう呼ばれる特殊な世界に生き、戦い続ける人類《戦巫女》たちの活躍により、世界は救われている。 《戦巫女》としての才を持つのは女性のみ。 しかし、主人公『織神 秋刃』はひょんな事から《戦巫女》としての才能を発現してしまった事をきっかけに、戦巫女を育成する教育機関【東京巫術高等専門学校】通称【巫術高専】へと強制編入させられる事に。 自分以外は全員女子。 世界で唯一の『男の戦巫女』として、さまざまな出会いや再会を通し、秋刃の前途多難な日常と戦いの日々が始まる。