十六世紀末、時は戦国時代。 イエズス会巡察師アレッサンドロ・ヴァリニャーノは、インドのゴアで記憶喪失の黒人の少年と出会う。語学の才能を見いだされヴァリニャーノの従者となった少年は、ヴァリニャーノとともに日本を訪れ京都へと向かう。 そこは、日本統一目前の織田信長が治める領地だった―――。