近未来の日本。社会に蔓延する負の感情が残滓霊（ざんしれい）として具現化し、都市を脅かす中、民間霊体対策機関ゴーストシューターが発足した。 冷静沈着なエース候補、南城つばめは、霊を「危険な敵」と見なし、アサルトライフル型霊体銃『エクソシスト』で迷いなく排除する。彼女にとって、幼馴染の四村ホトトギスは、守るべき大切な存在だ。 一方、ホトトギスは、霊の感情を直接感じ取る共鳴能力を持ち、誰もが聞き逃す「透明な銃声」という、過去の心の叫びを聞き取ってしまう。その能力ゆえに、残滓の絶望と自身のトラウマが共鳴し、精神的に不安定になることも少なくない。 これは、過酷な現実と戦いながら、共にゴーストシューターとして成長していく二人の少女の物語。