夢見ヶ丘学園で行われたイレギュラーハンターと悪の軍団ダークアクシズの学校大戦【スクールウォーズ】はダークアクシズ側の勝利で幕を閉じる しかし各地に散らばって脱出したイレギュラーハンターは大勢存在し、ダークアクシズのイレギュラー達はソレ等を反乱分子として容赦なく狩り立てていた そして学園の占領を続けながら学園の外へと侵攻を開始する、新たなる戦争の火種を求めて