感情と意志を持つ元素体（エレメンタム）が統治する、白と黒の無機質な世界。彼らの使命は、人型に反応して襲い来る謎の銀河棲生物＜ウラノピスキス＞の駆除だった。 ある日、元素体たちは墜落した宇宙船から人間を発見する。金と名乗る指導者は、彼を「導師（ドクター）」と呼び保護するが、それは人類の歴史と、エレメンタムたちが抱える数多の謎を解き明かす旅の始まりに過ぎなかった。 なぜ彼らは生まれたのか、なぜ敵は“人型”を狙うのか。導師は、個性豊かな元素体たちとの交流を通し、自らの失われた記憶と世界の真実を追い求める。