(この物語は機動戦士ガンダムUCとは別のかけ離れた物語である) シャアの反乱から3年………。人々は古き時代から新たな新時代に生まれ変わろうとしていた…………。主人公のリョウ・ジャックスは謎の団体組織アクティオンとニュージオンの戦いに巻き込まれガンダムシャイニングスターへと導かれる………。