かつて『銀の錬金術師』と呼ばれた天才、アセト・アルデヒド。 彼は五年前の大事故【白リンの惨事】ですべてを失った――名誉も、信頼も、そして錬金術師の命である左腕も。 今やライセンスを剥奪され、酸性雨の降る辺境工業都市【硫酸銅（カッパー・サルフェート）】で、旧式の蒸気義手をいじる「修理屋（リペアラー）」として燻る彼。 「もう、何かに期待するのはうんざりだ」 そんなある夜、アセトは一人の少女を匿ってしまう。 少女の名はフェノール。 右が青、左が赤の瞳（オッドアイ）を持つ彼女は、世界の理（ことわり）を支配する錬金術ギルド【王水】に『被検体（サンプル）』として追われていた。 なぜなら彼女は、枯渇したはずの純粋な【原液（ストック・ソリューション）】――錬金術の源――をその身で生み出す、生ける【触媒（カタリスト）】だったからだ。 一度は少女を突き放したアセト。 だが、迫るギルドの非情な猟犬（クロム・ハウンド）と、かつて守れなかった過去の記憶（トラウマ）が、彼を再び戦場へと引き戻す。 これは、錬金術（アルケミア）を失った元天才が、ガラクタ（スチーム）の義手と修理の知識だけを武器に、世界で唯一の『希望（爆弾）』である少女を守り、失われた真実を奪還する――。 蒸気と廃液（ヴェイパー）の幻想記（クロニクル）。