幕末の動乱期、剣の天才として名を馳せる沖田総司は、病に蝕まれながらも新選組としての使命に生きていた。そんな彼の前に現れたのは、美笛（みぶえ）という名の少女。彼女は、京の町で薬草を売る家の娘で、父を亡くし、母と二人で慎ましく暮らしていた。 ある雨の日、咳き込み倒れた沖田を美笛が助けたことから、二人の運命は静かに交差していく。剣と死に向き合う男と、命を慈しむ少女。互いに惹かれながらも、時代と病が二人を容赦なく引き裂いていく。 美笛は沖田の病を癒すため、薬草を求めて山へ通い、彼のために歌を詠み、桜の咲く季節に「一緒に見よう」と約束する。しかし、沖田の病は進行し、戦の影が京を覆う。 最後の春、沖田は病床で美笛の歌声を聞きながら、彼女の手の中で静かに息を引き取る。美笛は涙を流しながら、彼のために咲いた桜の下で、彼の名を呼び続ける。