二つの太陽が輝く惑星ゾラに暮らす少年コナは、毎晩「どこまでも落ち続ける夢」に悩まされていた。母リムの勧めで診療所を訪れると、医師キリは彼の脳波に「他の存在と共鳴する波」を検知する。やがてコナは、古井戸の底で倒れていた機械人ヨギと出会い、オウナと呼ばれる鉱石のエキスで彼を蘇らせる。ヨギは隣次元「Ｗｏ界」から来た生機生命体で、ゾラの資源オウナが尽きれば両世界が滅ぶと語る。コナは母と別れ、ヨギと共に廃坑の奥に眠る“オウナの塔”を目指す旅に出る。 旅の途中、ヨギの記憶装置に触れたコナは、ゾラがかつて高度な文明を持ち、人工の太陽までも造り出していたことを知る。リムは亡き夫ハルが十五年前、塔を研究中に消息を絶ったと明かす。コナは父の足跡をたどり、封印された鉱山で闇組織の陰謀と対峙。ヨギと心を通わせ、共鳴しながら激戦を繰り広げる。塔の暴走、機械生命レッヅとの空中戦を経て、コナとヨギは星の核心へと到達する。 塔の内部で、コナは父ハルの意識と再会する。ハルは星と一体化し、オウナの循環を維持していた。二つの太陽のうち一つは人工的な光であり、その崩壊を防ぐには「人の意識による再起動」が必要だと語る。ヨギは自らを犠牲にしてコナと融合し、塔の心臓を再起動させる。小さな太陽は再び輝きを取り戻すが、ヨギは光の中に消える。 のちに、コナは母と再会し、穏やかに息づく星を見上げる。胸のペンダントに宿るヨギの青い光が、いまも彼を見守っていた。