孤独な転校生、五十嵐 翼は、町外れの廃駅・奥日山（おくひやま）駅を唯一の居場所にしていた。 そこで、同じく学校に馴染めない少女、神崎 希叶（かんざき きと）と出会い、二人は親しくなる。 二人は、駅の「午後三時二十五分で止まった壁時計」と、「白い幻の列車」にまつわる40年前の失踪事件の謎を追うことになる。 謎を解き明かす中で、内気な二人は互いに心を開き、愛情を育んでいく。 やがて、二人は謎の真相である「大切な人へのメッセージ」を発見し、その瞬間、止まっていた時計が動き出す。過去の呪縛が解けた奥日山駅で、二人は結ばれ、共に未来へ踏み出す勇気を得る。 廃駅の謎を解き、孤独を乗り越える二人の淡い恋愛物語