時は文禄三年（1594年）。 織田信長が本能寺に斃れて12年が過ぎ、その覇業を継いだ豊臣秀吉のもとで、束の間の平穏が訪れていた。 かつて天正伊賀の乱を生き抜いたゴエモンら未来人の一族〈平成の里〉と、百地忍軍の残党たちは、市井に身を潜めながら“風の忍び”として歴史の流れを見守っていた。 だが、天下泰平の陰で、再び歯車が軋み始める。 闇に蠢く者、権力に飲み込まれる者、そして歴史を正そうとする者──。 風の忍び達は、新たな世代とともに、再び運命の奔流へと身を投じていく